Gaizka Mendieta se convirtió en el capitán del mejor Valencia de la historia, con el que alcanzó su cenit futbolístico entre 1999 y 2001. En ese periodo fue reconocido como uno de los mejores futbolistas europeos y lideró un Valencia campeón de Copa y Supercopa en 1999, y dos veces finalista en Liga de Campeones (2000 y 2001). 62 goles en 360 partidos fueron sus números finales.
Experto en los golpes francos y casi infalible en las penas máximas, fue se convirtió también en fijo en las convocatorias de la selección nacional, con la que completó 40 internacionalidades y marcó 8 goles. Para la historia quedarán por siempre sus tres obras maestras: un golazo en San Mamés tras regatera a toda la defensa del Athletic, una volea imposible a la salida de un córner en el Camp Nou desde fuera del área y su obra cumbre frente al Atlético de Madrid en la final de Copa de 1998.
Su clase como interior derecho y su capacidad goleadora le llevaron a ser uno de los futbolistas más cotizados de Europa de final de los años 90 y, tras desestimar el Valencia una oferta del Real Madrid fue finalmente traspasado a la Lazio en 2001 por una cantidad superior a 8000 millones de pesetas (unos 48 millones de euros), siendo el mayor traspaso de un futbolista español, posteriormente superado por el traspaso de Fernando Torres en 2010 del Liverpool al Chelsea por 58 m€ y de Kepa Arrizabalaga en 2018 del Athletic al Chelsea por 80 m€.
La discreta llegada al Lluís Casanova procedente de la Segunda División A
Gaizka llegó procedente del CD Castellón en 1992, bajo el mandato en el banquillo che del holandés Guus Hiddink, que lo vio como una clara apuesta de futuro. Junto a él llegaron fichajes para la temporada 1992-1993 como los de González (Real Sociedad), Belodedici (Estrella Roja), Álvaro (RCD Mallorca), Sánchez (CD Mestalla), Ibáñez (Osasuna), y Fran (CD Teruel).
A pesar de las esperanzas depositadas en aquel joven lateral, sus actuaciones no convencieron como para ganarse un sitio en las convocatorias del primer equipo, aunque sí pudo ganarse la simpatía de la afición por su constante lucha y entrega. Aquella primera temporada Mendieta jugó 22 partidos con el filial en Segunda División B bajo las órdenes de Óscar Rubén Valdez y Paco Real, y su buena progresión le llevó a participar con el primer equipo durante la pretemporada y a ser convocado con la selección española sub-21. Su gran oportunidad llegó en junio de 1993, cuando el técnico holandés Guus Hiddink le dio 48 minutos en los dos últimos partidos de Liga, debutando así en Primera División.
Tras aquel primer logro, se fue ganando un puesto en el primer equipo hasta convertirse en un fijo la temporada 1995-1996 con Luis Aragonés. Gaizka disputó un total de 42 partidos oficiales, acumulando un subcampeonato de Copa y otro de Liga en dos años consecutivos. Pese a su magnífica proyección, no fue fácil en absoluto su quinta temporada en el club, tras la dimisión del preparador madrileño y la llegada de Jorge Alberto Valdano, cuya preferencia eran los jugadores de técnica. Aquel cambio provocó que casi fuera traspasado durante el mercado de invierno, pero el club apostó por él y finalmente se quedó. Fue una decisión afortunada, ya que la temporada siguiente el técnico argentino fue cesado en la tercera jornada de Liga y la llegada del entrenador italiano, Claudio Raneri cambió la carrera del jugador por completo.
Su mejor etapa
Su nueva posición en el terreno de juego le permitió una evolución exponencial, convirtiéndose en un centrocampista ofensivo completísimo, mejorando su técnica individual y con una visión del juego vertiginosa. Aquella fue la temporada de su graduación a nivel mundial. Pretendido por los grandes clubes españoles y europeos, Mendieta apostó por su renovación con el club valencianista tras la conquista de la Copa y la clasificación para la Liga de Campeones, firmando dos cursos inolvidables. Referente icónico del equipo, se convirtió en capitán y siguió manteniendo un nivel excelente, ejerciendo su autoridad y tirando del equipo cuando hizo falta. Mientras tanto, siguió ampliando su colección de goles antológicos y ayudó a llevar al equipo a jugar dos años consecutivos la final de la Liga de Campeones, cayendo derrotado frente a Real Madrid y Bayern de Munich en una de las mayores tragedias del valencianismo.
Acabada la temporada 2000-2001, y tras haber perdido la final de la Liga de Campeones en los penaltis y no haber conseguido la clasificación para la competición en la temporada siguiente, Gaizka Mendieta decidió buscar un cambio de aires. Pretendido por el Real Madrid, finalmente marchó traspasado al Lazio de Roma, en una decisión que provocó un auténtico terremoto en el club, hasta el punto de provocar la dimisión del presidente, Pedro Cortés.