El Torneo Clausura 2000 se inició el 11 de febrero y culminó el 17 de julio, y su gran protagonista fue el Club Atlético River Plate, el cual se consagró bicampeón, logrando coronarse bajo la conducción de Américo Gallego. En la tabla de goleadores destacaron Esteban Fuertes de Colón con 17 goles, Bruno Marioni de Independiente con 13, y Daniel Jiménez de Instituto con 12.
Boca Juniors, a pesar de quedar séptimo, fue uno de los grandes protagonistas de la primera mitad del 2000, proclamándose campeón de la Copa Libertadores tras derrotar al Palmeiras brasileño en la final, y consiguiendo así su pase para la Copa Intercontinental. En la Copa Mercosur, River Plate fue el único representante argentino capaz de plantarse en semifinales, donde fue vapuleado por el Vasco da Gama, por un global de 1-5. El año 2000 también es recordado por ser el primero en el que ya no se disputó la extinta Copa Conmebol, que tuvo como último campeón argentino a Club Atlético Talleres de Córdoba.
La segunda parte del año comenzó con el Torneo Apertura 2000, que tuvo lugar entre el 28 de julio y 18 de diciembre. El Club Atlético Boca Juniors se coronó campeón, bajo la conducción técnica de Carlos Bianchi, con lo que logró su vigésimo quinto título en la categoría, siendo este el decimonoveno desde el inicio de la era profesional. Por ello, obtuvo la clasificación a la Copa Libertadores 2002. Juan Pablo Ángel de River Plate fue el máximo goleador con 13 goles, seguido de Bernardo Romeo de San Lorenzo y Martín Palermo de Boca Juniors con 11. Ariel Pereyra, Daniel Tílger, Ernesto Farías y Luis Rueda empataron a 10 goles. En la esperada Copa Intercontinental de 2000, Boca Juniors sorprendió al Real Madrid, poniéndose 0-2 en el marcador a los 6 minutos, un resultado que el Real Madrid no pudo combatir a pesar de reaccionar 6 minutos después con su primer gol. Aquel se convirtió en el segundo título de Copa Toyota para los xeneizes, que tuvieron a Juan Román Riquelme y Martín Palermo como sus grandes exponentes.
En la Primera B, el campeón de la 1999-2000 fue Huracán, al ganarle la final del cuadrangular a Quilmes, que perdió además dos finales más para ascender a Primera División: segundo ascenso y promoción. Por la zona Metropolitana descendieron Deportivo Español, Argentino (Rosario), Deportivo Morón y Temperley por tener peor promedio entre los clubes metropolitanos. Mientras que por la Zona Interior fueron Gimnasia y Tiro (Salta) y Aldosivi (MdP) los que descendieron por peor promedio.
