Fernando Redondo a lo largo de su carrera tan solo llegó a participar en un Mundial, el de Estados Unidos disputado en 1994. Su ausencia en el resto de copas del mundo se debió a diferentes motivos. “Redondo es un gran jugador, pero fue una puñalada para mí, para el entrenador y para todos que no quisiera ir al Mundial de Italia», aseguraba el propio Diego Armando Maradona.
Fernando Redondo, antes de recibir la llamada de Carlos Bilardo para debutar en la absoluta, había sido convocado por Carlos Pachamé para disputar algunos partidos previos a los Juegos Olímpicos de Seúl de 1988, aunque acabó quedando fuera de la convocatoria para la fase final. Así pues, cuándo toda Argentina daba por hecho que finalmente Fernando Redondo formaría parte de la expedición que defendería el título de campeón del mundo en Italia, Fernando sorprendió a todos rechazando la oferta del técnico para no abandonar sus estudios universitarios de Ciencias Económicas, que nunca concluyó. Las malas lenguas aseguraron que la decisión se debía al estilo de juego que practicaba la selección, ya que el joven Fernando nunca había escondido su crítica con el estilo de juego bilardista, y su apoyo a Menotti siempre fue público.
Tras aquella deserción, su debut con la absoluta albiceleste debería esperar hasta el 18 de junio de 1992, en un partido que Argentina ganó a Austria por 2-0 con Alfio Basile en el banquillo. Con este entrenador tuvo sus mejores actuaciones en la selección: ganó la Confederaciones 92 siendo elegido el mejor jugador y la Copa América 1993.
Participó en el que sería su único Mundial, el de Estados Unidos 1994. Allí tuvo también buenas actuaciones en la primera ronda, pero el dóping positivo de Maradona golpeó fuerte al equipo, que no pudo reponerse de perder a su máxima figura y cayó 3-2 contra la selección rumana en octavos de final.
El técnico siguiente, Daniel Passarella, excluyó a Redondo de su convocatoria, argumentando que este se negaba a jugar por la izquierda, cuando en realidad instó a los jugadores argentinos a que se cortaran el pelo para ser seleccionados, algo a lo que Redondo no accedió por ir en contra de sus principios (otros sí lo hicieron, por ejemplo Batistuta). Passarella volvió a citar a Redondo en 1997, durante las eliminatorias para la Copa del Mundo de Francia, sin hablar antes con él. En esta ocasión Redondo dijo que no quería trabajar con él, porque «el cuerpo técnico actual me trató públicamente de mentiroso». Más tarde, durante el ciclo de Marcelo Bielsa, fue convocado para un par de amistosos contra Brasil. A pesar de ser la figura del primer encuentro, anulando a la estrella brasileña Rivaldo, Redondo decidió renunciar a la selección argentina argumentando una imposibilidad de rendir en su mejor nivel por una lesión en la rodilla.
