Capaz de llegar a las semifinales de la Recopa de Europa durante la 1985-1986 y llegar a la tercera ronda de la Copa de la UEFA 1986-1987, el club cayó en graves problemas económicos, crisis deportiva y un profundo olvido que lo condenó a la sexta división alemana.
Pese a todos estos graves problemas actualmente sigue compitiendo como Krefelder Fußballclub Uerdingen 05 en la 3.Liga, aunque lejos quedan sus buenos tiempos cuando tuvo en sus filas a auténticas superestrellas como Stéphane Chapuisat, Brian Laudrup u Oliver Bierhoff, incluso uno de los últimos brasileños goleadores de la Bundesliga, Aílton.
A Renania del Norte-Westfalia no le faltan clubes profesionales, y la ciudad de Krefeld con unos 222.500 habitantes no es una excepción. El KFC Uerdingen se fundó en noviembre de 1905 como Fußball-Club Uerdingen, en una época en la que el fútbol florecía en Renania del Norte-Westfalia. El Borussia Mönchengladbach se fundó en 1900, el Schalke en 1904, el Bayer Leverkusen ese mismo año y el Borussia Dortmund en 1909. Después de la Primera Guerra Mundial, durante el Interbélico y la Segunda Guerra Mundial, el club se vio obligado a fusionarse con otras entidades para poder sobrevivir, entre ellas el Sportvereinigung des Realgymnasiums Uerdingen y el VfB 1910 Uerdingen. Hasta 1950 siguió jugando bajo el nombre de FC Uerdingen 1905, aunque tres años después cambió, concretamente un año antes del milagro de la victoria de Alemania Occidental en el Mundial de 1954, cuando se fusionó con el club de los trabajadores del AG Bayern, una importante empresa farmacéutica de Alemania. Así comenzó la era del Bayer Uerdingen 05, durante la cual alcanzó su mejor momento.
El Bayer Uerdingen jugó principalmente en las ligas inferiores alemanas durante las décadas de 1950 y 1960, pero ascendió lentamente en la pirámide del fútbol alemán en los años 70. Una buena temporada, la 1974-1975, le permitió terminar en segunda posición, lo que le valió el ascenso a la Bundesliga por primera vez en su historia. La temporada siguiente descendió y se vio obligado a volver a la 2. Bundesliga. El éxito volvió a finales de los años 70, con una participación en la DFB-Pokal en 1977 que solamente se vio frenada por el poderoso Hertha BSC, y un ascenso a Bundesliga en 1979, aunque volvería a descender en 1981 antes de regresar por un periodo prolongado en 1983. La prueba de su evolución llegó en 1985, cuando alcanzó la final de la Pokal por primera vez en su historia, enfrentándose al todopoderoso Bayern de Múnich. La final se disputó en el Olympiastadion de Berlín, y 70.000 espectadores vieron cómo el Uerdingen se hacía con el título gracias a una victoria por 2-1. Fue el punto álgido de su trayectoria en el fútbol nacional. Aquel triunfo supuso la clasificación para la Recopa. En su debut en Europa, el Uerdingen consiguió llegar a las semifinales, sorprendiendo a gran parte del continente con su fútbol progresista y de vanguardia. Por el camino, venció al Cercle Brugge, al HJK Helsinki y al Dynamo Dresden (en una eliminatoria espectacular), un grande de Alemania Oriental, antes de ser eliminado por el Atlético de Madrid en las semifinales.
La temporada 1986-1987 se clasificaría para la Copa de la UEFA donde caería en la tercera ronda ante el FC Barcelona de Gary Lineker y Mark Hughes por un global de 0-4.
Si bien la década de 1980 se considera la más exitosa de la historia del Uerdingen, los 20 años siguientes serían problemáticos para todos. Durante los primeros años de la década de los 90, el equipo osciló entre la primera y la segunda división, sin poder afirmarse en la máxima categoría y sufriendo, como muchas potencias caídas, problemas financieros en el camino. La década de los ochenta pronto pareció una eternidad.
La clave de su desaparición en el fútbol de élite fue la retirada de su principal patrocinador, Bayer, que decidió centrar su inversión en el Leverkusen. A principios de siglo, el equipo jugaba en la Regionalliga, ahora conocida como la 3. Liga, pero su desaparición no fue completa. Se sucedieron los descensos y, en 2008, se encontraron en la sexta categoría del fútbol alemán.
Una vez más, las filas del fútbol amateur alemán fueron testigos de la caída de un gigante. Los posteriores problemas financieros siguieron afectando al club hasta que la temporada 2010/11 ofreció la esperanza de un nuevo amanecer. Sería una campaña en la que se catapultaría a la relevancia una vez más. El Uerdingen ascendió a la Oberliga Niederrhein en 2011, y luego alcanzó la Regionalliga como campeón en 2013. Su estancia en la Regionalliga -la cuarta categoría- fue breve, y el descenso en 2015 fue un verdadero drama. Para muchos aficionados, las categorías profesionales parecían inalcanzables.
Pero ahí es donde el fútbol nos proporciona grandes historias; donde lo imposible se convierte de repente en claramente posible. El Uerdingen atrajo a nuevos propietarios y la inversión añadida le permitió ascender tanto en 2017 como en 2018, alcanzando la 3. Liga tras una larga ausencia y llevando de nuevo el fútbol profesional al Grotenburg-Stadion.