El 7 de agosto de 1924 un grupo de 33 estudiantes, liderados por José Rubio Galindo y Luis Málaga Arenas, deciden fundar la Federación Universitaria de Fútbol en Lima, una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central. A día de hoy se conoce el origen de solamente 19 de ellos: once procedían de provincias, seis de Lima, y dos extranjeros, de Suiza y Uruguay. De los provincianos, tres eran de Arequipa y uno de cada una de las siguientes ciudades: Chiclayo, Chincha, Huacho, Huánuco, Ica, Iquitos, Jauja y Moquegua.
Tras participar como selección en diferentes torneos interuniversitarios y partidos amistosos entre 1924 y 1927, la Federación Peruana de Fútbol invita a la Federación Universitaria a participar en el Campeonato de Selección y Competencia (Torneo de Primera División) de 1928, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, Circolo Sportivo Italiano y Lima Cricket and Football Club. La Federación Universitaria de Fútbol se transforma en club para esta nueva etapa uniendo sus fuerzas, y decide adoptar como colores representativos de su uniforme el blanco y el rojo, con una gran U roja en el pecho.
¿Entonces de donde proviene el color crema? Universitario debía presentarse a jugar un partido de liga, pero sus uniformes se encontraban en la lavandería, y los dirigentes presionaron a para que les dieran los uniformes lo antes posible. Las prisas ya sabemos que nunca son buenas compañeras, y las casaquillas se las devolvieron de color crema, por qué los encargados de la lavandería se olvidaron de despegar las insignias y a la hora de meter el juego de camisetas al agua las insignias rojas se fueron destiñendo y terminaron dejando los uniformes con una sorprendente coloración crema. Este imprevisto no fue recibido con agrado por parte de los jugadores, directivos y afición, pero no quedó otra alternativa que afrontar el partido con esta descolorida camiseta. La ‘U’ logró ganar este partido de liga y algunos más, motivo por el que consideraron conveniente quedarse con su peculiar nueva camiseta para la posteridad, naciendo así su apodo de «los cremas».
En 1931 después de discrepancias con las autoridades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, el rector José Antonio Encinas prohíbe la utilización del nombre Federación Universitaria de Fútbol, obligando así a cambiar el nombre de la entidad por Club Universitario de Deportes, independizándose totalmente de la universidad.
La «U» actualmente está considerada como uno de los tres grandes del fútbol peruano, y disputa sus encuentros como local en el Estadio Monumental, con una capacidad para 80 093 espectadores, siendo el estadio de fútbol de mayor capacidad de Sudamérica y uno de los más grandes del mundo. Hasta la fecha el Club Universitario de Deportes es el equipo que ha obtenido más campeonatos nacionales en el Perú, con un total de veintiséis títulos (siete en su etapa amateur y diecinueve en la profesional). En 1972 fue subcampeón de la Copa Libertadores de América, siendo esta la mejor participación del primer equipo en un torneo internacional. Además cuenta con una Copa Libertadores Sub-20 ganada en el año 2011.
