Jürgen Klinsmann, Andreas Brehme y Uwe Rahn llegaron a un principio de acuerdo para formar parte del proyecto de Jupp Heynckes en su primera etapa en Bilbao. Los 3 internacionales pudieron haber formado parte de la plantilla del Athletic de Bilbao, si la directiva se hubiera hecho atrás en su tradicional política de fichajes.
Así lo aseguraba la prensa alemana en 1992, y el propio técnico no lo desmentía en declaraciones a la revista Don Balón. «Soy partidario del fútbol moderno y lucharé porque este concepto arraigue en San Mamés. Aunque soy consciente de la filosofía que tiene el club en este aspecto. Yo considero importante la aportación de jugadores extranjeros. Si un equipo quiere estar entre los grandes, debe contar con refuerzos internacionales».
A pesar de que Heynckes insistió por activa y por pasiva a la directiva, e incluso se fijó como objetivo ganar la liga, nunca lo consiguió. «Mi mentalidad es ganadora y quiero que mis equipos también la tengan. Espero hacer grandes cosas. Me gustaría que el Athletic ganase la Liga conmigo. De lo contrario me enfadaría». A pesar de que la Liga quedó muy lejos, Heynckes aportó una estabilidad muy necesaria, y el Bilbao fue capaz de terminar durante su primera campaña en el banquillo en octavo lugar. Tuvieron algo menos de éxito en la Copa del Rey, donde entraron en 3ª ronda y fueron eliminados inmediatamente por el Xerez, de Segunda División B.
Durante la 1993-94 el equipo siguió mejorando bajo la dirección del alemán, terminando la campaña de Liga en quinto lugar, lo que le clasificó para la Copa de la UEFA 1994-95, poniendo fin a cinco temporadas sin competición europea. En la Copa del Rey, el Bilbao alcanzó la cuarta ronda antes de ser eliminado por el Real Zaragoza. A pesar de este éxito, Heynckes abandonó el club al final de la temporada para aceptar el puesto de entrenador del Eintracht de Frankfurt en su país. El ex jugador del Athletic, Javier Irureta, fue nombrado su sustituto y Heynckes quedó para la historia como el último entrenador que intentó acabar con la filosofía del Athletic Club. Idea que no volvería a sugerir a la directiva en su segunda etapa en el club entre 2001 y 2003.
