El Boca Juniors de Cali se fundó el sábado 25 de septiembre de 1937, siendo el primero de los dos clubes colombianos fundados para homenajear al Xeneize (el segundo nació en Medellín), y el tercer club vallecaucano en fundarse antes del establecimiento de la División Mayor del Fútbol Colombiano. Fue campeón departamental del Valle del Cauca en 1938, y en la era profesional del fútbol colombiano debutó en la segunda temporada de la primera división en 1949, de donde no se movió hasta su desaparición en 1957, sumando 239 partidos, de los cuales ganó 119, empató 51 y perdió 69. Su máximo artillero en ese lapso fue el paraguayo Alejandrino Génes. Fue campeón de la Copa Colombia en la edición 1950-51 y subcampeón en la edición 1952-53.
En 1987 el empresario Hernando Ángel adquirió los derechos del nombre Boca Juniors de Cali y lo refundó como una escuela de fútbol juvenil. El 12 de marzo de 2019, la Dimayor aprobó el cambio de sede del Universitario de Popayán a la ciudad de Cali, el cual juega a partir del segundo semestre del año bajo el nombre Boca Juniors de Cali, siendo equipo filial del Deportes Quindío. Actualmente, disputa el campeonato de Categoría Primera B (segundo nivel del fútbol colombiano).
Una historia de pasión boquense
El Boca Juniors de Cali fue fundado en 1937 en casa de Miguel Martínez, en la carrera 15 entre calles 5ª y 6ª. Sus fundadores adoptaron nombre y uniforme de su homólogo argentino por iniciativa de Gumercindo Fernández quien tras viajar a Buenos Aires se enamoró del club de La Boca.
Su primer partido lo disputó ante el Independiente, equipo de la liga del Valle y lo perdió 1-2. En 1938 se inscribió oficialmente en la Liga de Fútbol del Valle y se coronó campeón departamental al conseguir 9 victorias y 2 empates en 14 partidos, incluyendo una goleada sobre el América, 5-0. El título lo llevó a ser invitado a disputar partidos en Pereira y Manizales. Durante el amateurismo del fútbol colombiano de los años 40 fue uno de los equipos representativos junto al Independiente y el Motorista de la liga departamental, siendo invitado a diferentes ciudades, una de ellas Medellín, dónde se enfrenta con su homónimo, Boca Jrs de Medellín empatando 2-2.
El Boca de Cali no logró ser parte del primer torneo profesional de 1948 por la regla que solo se permitían 2 equipos por ciudad, siendo el América y el Deportivo Cali los que representaron a la ciudad. En 1949 por fin logra debutar en el profesionalismo logrando el 8° puesto. En ese primer torneo derrotó al futuro campeón del certamen: a Millonarios 4-3, al América por el mismo marcador, a Nacional 1-0, 3-1 al Deportes Caldas y golea al Medellín 5-1, fue el mejor equipo de los debutantes: Huracán, Pereira, Barranquilla, Once Deportivo y Bucaramanga.
